流溪河水库生态保护实验站
该实验基地以水库生态基础研究为主要工作内容，通过可控围格实验探索南亚热带水库水体生态系统的特征及各营养级之间的关系。目前已经完成浮游植物对不同营养盐浓度的响应以及不同氮磷营养盐浓度对浮游植物群落结构的影响研究、浮游动物对浮游植物的牧食能力研究、不同养殖模式对南亚热带水体浮游动物和浮游植物群落结构的影响研究等工作。通过一系列的研究工作基本了解了以流溪河水库为代表的南亚热带大型深水水库的营养盐循环特征、浮游植物群落结构组成影响因素、以及常见养殖模式对水体生态系统的影响。为南亚热带深水水库的管理和水质保护提供了重要的研究数据和理论依据。
大沙河野外生态站
2010年筹建，2011年3月开始进行常规野外监测，主要进行蓝藻水华应急控制技术和生态控制技术研究。建有水化学分析实验室约60平方米，可进行水库常规指标分析（氮和磷），每月监测入库水量和水质；建有全自动气象观测站，高频自动采集太阳辐射、气温、气压、降水、风向风速和相对湿度等指标。生态站还与广东省水务局联合建设有水质自动监测浮标一套，高频监测水库中心表层溶解氧、水温、浊度、pH、叶绿素a等指标。在应急控制技术方面，通过比较研究不同的絮凝方法对蓝藻水华的处理效果，摸索适合广东省富营养水库水华应的最有效方法。在生态控制技术方面，通过对大型浮游动物、鲢鳙鱼类和底栖动物如蚌类对蓝藻牧食能力的研究以及大型水生植物对浮游植物群落和生物量的影响的研究，摸索出控制蓝藻水华的长期的生态方法，为目前广东省蓝藻水华的防治提供技术支持。2010年开始，广东省水利厅已将大沙河水库作为“广东省水库蓝藻水华防治中心”在广东省开展相关工作的研究和示范基地。同时，大沙河水库也被确定为“中－丹科教中心”（ http://www.sinodanishcenter.com/）关于流域与水库水质相互影响的教学实习基地和科研基地。“大沙河野外生态站”作为开放式的本科教学实习基地、水库富营养化研究基地、水库调度与水质预测预警业务化平台试验基地以及国际合作与交流基地的作用已逐步显现出来。
依托野外基地得到的研究结果已被管理部门应用到水库水质管理上，蓝藻水华的防治技术也被应用在多个富营养水库的水质管理上，比如大镜山水库的控藻工程、大沙河水库控藻工程等等。
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