生态学本科专业创办于2003年，2004年开始招收第一届本科生，依托生态学广东省重点学科和水生生物学国家重点学科开展专业建设。2010年获批广东省高等学校特色专业，2012年入选广东省优势重点学科，2022年入选国家一流本科专业建设点，2024年入选广东省“长基计划”种子专业。

专业点充分利用生态学科在水域生态学、湖沼学及水体生态系统恢复等方面的理论、技术和师资优势，针对我国尤其是珠三角及粤港澳地区社会经济发展对生态学专门人才的需求，确立了基础型和应用型并重为特色的人才培养模式和体系，培养具有扎实生态学专业基础知识与实践能力、尤其在水域生态学理论及生态工程技术领域有显著优势的创新型专业人才。基础型人才培养“以重点学科为依托，按学科群强化基础，贯通本科和研究生教育”，培养学术型后备人才；应用型人才培养本着“拓宽基础、强化生态技术应用、坚持以社会需求为导向”的原则，通过开放实验、创新项目实践和产教融合等多种途径，培养综合素质过硬、专业扎实、具有实践创业能力的专门人才。

专业开办以来，在教学条件方面进行了持续的建设。建设有生态学基础教学实验室和专业实验室，用于开展日常实验教学、支持开展本科创新探索，同时还建立了流溪河国家森林公园、开平市大沙河水库等多个校外实践教学基地，其中广州流溪河国家森林公园实习基地已获得广东省实验基地建设项目立项。坚持推行导师制，依托个性化培养方案和科研项目实践，系统提升学生的创新思维、实践能力与专业竞争力。加强国际化建设，与瑞典乌普萨拉大学开展“3+1”联合办学，通过学分互认机制，提升生态学人才培养的国际化水平。此外，专业点还依托水生生物学和生态学学科点雄厚的科研资源，积极利用国家及地方重大、重点项目研究成果——如惠州西湖水生态系统修复示范区、深圳河流湿地生态恢复项目区以及东江项目区等作为平台，开展本科学生专业教育和实践教育。

专业开办二十年来，已培养生态学专业本科毕业生近500名。近五年，学生获批各类创新创业项目国家级3项、省级6项、校级28项，获国家级生命科学类竞赛奖13项。毕业生就业率保持在90%以上，超过40%的毕业生前往国内外高校及科研院所继续深造。为粤港澳地区水生态治理与修复、水资源管理与可持续发展、水生生物资源保护和发展等领域输送了大量优秀青年专业人才。