热带亚热带水生态工程教育部工程中心于2009年12月获批，以我系科研技术力量为主，联合台湾中山大学水资源研究中心、香港城市大学红树林研发中心等，依托暨南大学水生生物学国家重点学科、生态学和环境学相关学科共同建设。工程中心着眼于热带亚热带地区共性的水体污染和生态系统受损的突出问题，以生态工程学为基础，通过与生态学、环境学、海洋学、信息学、水文学及其相应工程技术学的交叉，创建现代化实用的生态工程技术体系，将具有重要市场价值的科技成果进行工程化研究和系统集成，转化为适合规模生产所需要的工程化共性、关键技术和具有市场竞争力的技术产品。通过技术转化直接为当地创造经济效益、社会效益和生态环境效益，形成热带亚热带及珠江三角洲地区发展生态工程技术产业的一个重要技术孵化基地。

        参加单位台湾中山大学水资源研究中心主要从事水资源科技与科技育政策等公共论坛活动等，具有良好的科研基础和仪器设备条件，曾先后接受台湾水资源局委托进行“美浓水库综合咨询顾问项目计划”及“水资源保育与管理工作现代化推动研究项目”，年度总金额达新台币2500万元。亦曾接受台湾观光局大鹏湾风景管理处委托进行“大鹏湾人工湿地研究”项目计划，总经费达5000万新台币。该中心研究及服务领域包括陆域水环境资源及海岸水环境资源，而且率先在海峡两岸三地首次开展咸水型人工湿地处理海水养殖废水的研究。此外，近来亦承接纺织工厂所委办的染整工业废水以人工湿地处理的项目计划，此为台湾地区以人工湿地处理工业废水的首创。  

         参加单位香港城市大学深圳研究院福田—城大红树林研发中心是香港城市大学和广东内伶仃福田国家级自然保护区管理局合作建立的综合性研究中心，是我国目前首家在国家级自然保护区建立的湿地生态研究实验室，主要开展与湿地生态学相关的基础与应用研究。实验室条件优良，可为工程中心开展合作研究提供科研方面的支持，进行与湿地生态相关的基础与应用，包括废水的生物处理、动植物种类多样性、动植物的生态学、海洋微生物、生态学动态及湿地资源保护管理和应用等多方面的研究。同时，红树林中心还建设有占地400多平方米的红树林人工湿地，模拟红树林湿地对生活污水进行净化，研究其处理效率及净化机理，为开展野外工作提供了保障。

       中心主要建设内容

       1）水环境和水生态工程技术研究、材料研制及设备开发，如污染湖、库、河流修复、小城镇污水处理、养殖水体净化、海洋环境修复、高效利用废水生产藻类生物质能等；
       2）全流程过程自控的污水处理与资源化研究中试基地与多个移动式中试装置建设，配有仪器设备较为完善的分析测试中心，具有试验装置与设备的生产加工能力；

       3）合作建成2-3 个水污染控制和生态修复示范工程、2-3 个产业化基地。